在董卓之乱后，韩遂等西凉叛军开始与董卓合流，董卓死后，李郭等后继者继承了董卓拉拢西凉叛军的策略，不过双方矛盾后期激化，韩遂和马腾联合益州刘焉对抗李郭集团，失利。
在汉献帝出走后，西凉军势力一落千丈，后郭汜、李傕更是相继死去，关中地域遂被韩遂、马腾为首的原凉州叛军所占据。
【乱军联合】
因为《三国演义》的影响，现在有不少人认为马腾是当初讨伐董卓的十八路诸侯之一，但实际上马腾在那时不但没有参与对抗董卓的行动，反而是董卓的准盟友之一。
董卓在进入洛阳之前，就曾经欲联合韩遂、马腾一起进京，但那时恰逢叛军内乱，加上诸多考虑，遂没有成行，之后初平三年（192）.韩遂、马腾亲自去安联合董卓，不过当时董卓已经被王允、吕布所杀，李傕等控制朝廷，于是他们借助天子的名义拜韩遂为镇西将军，遣还金城，马腾为征西将军，屯于郿。
兴平元年（194），马腾有私事求于李傕，没有得到应允，于是率兵相攻。汉献帝派使者劝解，没有成功，随后屯于金城的韩遂率兵前来劝解，继而与马腾联合，当时益州牧刘焉也派出军队帮助马腾等人一起进攻李傕。朝臣种邵、马英艹あ芊纰芪蘑苎В瑆■.♀.n≧et睢17醴队锷崩顐嗟热耍谑敲孛苡肼硖诹担肝谟Γ蚴虑榘苈叮坏锰颖蓟崩铩?br />
李傕使樊稠、郭汜以及侄子李利出击，马腾、韩遂败走，退回凉州。樊稠的部队又进攻槐里，种邵等人都被杀死。不久，李傕等人又与马腾、韩遂讲和，改任马腾为安狄将军，韩遂为安降将军。
兴平二年（195），马腾上表称军队补给不足，请求就谷于池阳，于是率军改屯平岸头。将领王承害怕马腾图谋自己，于是率兵偷袭，马腾没有准备，向西败走。不久，李傕与郭汜相互攻击，三辅，马腾遂放弃东行计划，与韩遂相联合，结为异姓兄弟。
【分立雍州】
雍州是古九州之一，但在汉武帝设十三州刺史部时，并没有雍州，其地理范围大概是后来的三辅一带加上凉州（或者其东部）。东汉时汉光武帝定都洛阳，设立过雍州，治所姑臧，但是不久取消。
兴平元年（194），河西的敦煌、酒泉、张掖、武威四郡，因为距离凉州官府所在地冀县太远，而且交通又被盗寇阻断，因此上书请求另外设置一州。同年六月，汉献帝下诏设置雍州，任命陈留人邯郸商为雍州刺史，治理河西四郡事务。这时凉州和雍州的位置和大多数人所想的不一样，是凉州在东，雍州在西，雍州治所则是姑臧。
后雍州和凉州在建安年间再次发生变化，建安十八年（213），荀彧死后，曹操并天下十三州为九州，东面的凉州与司隶校尉部的三辅一起并入雍州，治所则改在安。曹魏黄初元年（220），分河西八郡复置凉州，这时雍州和凉州的地理位置才是现在大多数人所认为的雍州在东，凉州在西。
【入主关中】
关中本来是西凉军的势力范围，先后为董卓和李郭所占据，但后来西凉军内部矛盾激化，李傕先是杀死了当时西凉军三巨头之一的樊稠，后又与另外一位郭汜决裂，在安城内部交战连连，最终导致汉献帝出走，自此西凉军势力大为衰落，建安二年（197），郭汜被部下伍习杀死，余部被李傕兼并。
同年，曹操派谒者仆射裴茂率领关西诸将段煨等讨伐李傕。次年李傕退守黄白城，被张横、梁兴等击败斩首，曹操下令夷灭其三族。
西凉军势力没落之后，关中地域则被韩遂、马腾等人所吞并。
【交联曹操】
建安四年（199），曹操为了在对抗袁绍有一个稳定的后方，听从荀彧的建议上表任命钟繇为侍中、代理司隶校尉
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