孔融作为三国历史上的大儒之一，一心为国，因此和专权的曹操极为不对付，最终被曹操所杀害。
【参议朝政】
之前，太傅马日磾奉命出使山东，到了淮南时，多次有求于袁术，袁术于是轻视侮辱他，夺走他的符节，又不准他离开，还要强迫他任军师。马日磾忧愤自己至极，于是呕血而死。
等到马日磾遗体送回京师，朝廷想加以礼葬，孔融于是独自陈说：“马日磾凭上公的尊贵身份，持天子的髦节，奉命处理地方事务，安宁东夏，竟然取媚奸臣，被他所指使，所上章表署名补用，马日磾都是第一个。依附下级，欺骗朝廷，奸诈事君。从前国佐敌晋军，不为其折服，宜僚当着白晃晃的刀而面不改色。朝廷大臣难道可以受威胁为借口吗？而且袁术越级叛逆，不是一朝一夕的事，与日磾随从，周旋历年。《汉律》规定：与罪人往来三天以上，都应该知道他的情况。《春秋》说：鲁叔孙得臣死了，为了不张扬襄仲的罪贬，不写日子。郑讨伐幽公，砍薄子家的棺材，因为他杀君的缘故。陛下可怜旧臣，不忍追究定罪，已经很宽大了，不应该再加礼。”朝廷采纳了他的意见。
后来朝廷多次就肉刑之事进行讨论，钟繇等人支持恢复肉刑，孔融则坚决反对＠＠＠＠，▼.︽.n↙et，肉刑之议最终不了了之。
当时，荆州牧刘表和曹操关系恶化，开始不向朝廷进贡，做了不少逾越法度不安本分的事情，并且还郊祀天地，礼仪拟指君主。朝廷下诏把他的行为宣示天下，孔融上疏认为应当隐瞒郊祀这件事，来维护朝廷的脸面。
建安五年（200年），南阳王刘冯、东海王刘祗相继逝世，献帝哀痛他们早逝，想为他们规定四时祭祀，为此先询问孔融意见。孔融回答说：“陛下仁厚，感慨变化而增加思念，哀悼二王的魂灵发布哀怜的诏章，考查审度从前的典章制度，订正礼制。臣看前代梁怀王、临江愍王、齐哀王、临淮怀王都死而无后代，同胞兄弟，就是景帝、武帝、昭帝、明帝四帝，没有听说前朝为他们修祭祀。如果是临时的，就不要列入传纪。臣不懂事，认为他们都在幼小的年龄死去，陛下哀痛，以成人礼加以谥号，这应遵照您的意思办理，祭祀结束，以后就不要再行。至于一年一期祭祀，不合礼意，又违背了先帝既定的法制，这是不合适的。”
【孔融之死】
孔融作为大汉的死忠分子，极为看不上挟天子而令诸侯的曹操，与其矛盾不断恶化，最终被其所杀。
先期孔融和祢衡关系非常好，甚至将其推荐给曹操，但祢衡自认为有才，看不起曹操，并且还将其狠狠羞辱了一顿，曹操最终将其流放到荆州，祢衡最后被黄祖所杀。
在官渡之战时，孔融等人认为曹操不敌袁绍，被荀彧所驳斥。
后曹操进攻邺城屠杀邺城居民，袁绍家的妇人女子多被掳掠。曹操的儿子曹丕还继承了曹家人妻控的传统，私自娶了袁熙的妻子甄氏。孔融知道后写信给曹操，说：“武王伐纣，把妲己赏赐给周公。”曹操不明白，后来问孔融这出于何经何典。孔融答说：“按现在的事情量一量，想当然而已。”
建安十二年（207年），曹操北讨乌桓，孔融又讥笑他说：“大将军（曹操）远征，萧条海外，从前肃慎不进贡木苦矢，丁零偷盗苏武的牛羊，可以一并讨伐啊！”当时，饥荒战乱，曹操上表请禁酒，孔融多次写信给曹操，认为不要禁酒，而且言词之中多为傲慢无礼。
当时孔融已经看到曹操奸雄诡诈，已渐渐显露，愈发不能忍受，所以说话偏激，常常触犯了曹操。又曾经上奏认为应当遵照古时京师的体制，千里以内，不得封建诸侯。曹操怀疑他所谈论的越来越广，更加害怕他。然而，因为孔融名重天下，表面上装着容忍，暗中却嫉忌他正确的议论，怕阻抗自己的大业
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