国伊斯兰教虎非耶门宦、新疆吐鲁番东道堂的创始人妥明为清真王；妥明则自称哈里发，也建立了哈里发政权，改年号为清真二千八百九十三年。
这支起义军向东发展至哈密，向西发展至乌苏，向南发展至吐鲁番，向北与清军争夺塔尔巴哈台，迫使清军困守在巴里坤危城而盛极一时。而伊犁的回族头目马万信串连维吾尔族的阿奇木伯克阿布鲁苏勒等人也相继起事，攻占了宁远城；后来，义军的领导权落入了曾出任过伊犁将军但已被革职了的迈孜木杂特手中；迈孜木杂特自称苏丹，从而建立了苏丹政权。
而另一个曾参与过库车起义的阿奇木伯克海孜那奇，回到和田原籍后，与刚从麦加朝觐回来的宗教法官哈比布拉再次起兵；起义军攻占和田后，哈比布拉自称帕夏，建立了帕夏政权。
面对新疆如此纷乱的局面，当时的清皇朝却无暇顾及，只好眼睁睁地看着这一大片西域疆土似若沸汤混沌不堪无能为力。至同治三年底，新疆全境除了惠远、惠宁等几座城池尚有清军困守之外，清皇朝的统治已经土崩瓦解；代之而起的即是五个互不隶属的地方政权，将大清朝的西域疆土瓜分罄尽了。
同治四年春，占据了喀什噶尔城的司迪尔派部属金相印前往位于中亚河间地区的浩罕国，迎回因叛乱而已被清皇朝处死的伊斯兰教白山派首领张格尔的独生子布素鲁克，欲借助其霍加后裔的名望帮自己巩固政权。浩罕国的阿力木库尔汗答应司迪尔的要求，派遣骁勇善战的雅霍甫伯克阿古柏率领一支骑兵护送布素鲁克去往喀什。
谁知，布素鲁克和阿古柏一到喀什，奸诈的阿古柏唆使布素鲁克将司迪尔逐出喀什城，反客为主地霸占了司迪尔的地盘，令司迪尔不是阿古柏的对手。
虽然，双方的兵力相差悬殊，司迪尔似乎占有绝对优势；然而，阿古柏却出奇谋，只用了百余名骑兵夜间偷袭司迪尔的帅营，即将司迪尔打得落荒而逃，数千兵马都成了阿古柏的俘虏。接着，阿古柏用俘虏组建了一支数千人的军队，声势顿时强盛了。于是，阿古柏协助布素鲁克在喀什建立了哲德沙尔汗国；哲德沙尔意即七城，表明了阿古柏欲占领南疆的喀什、英吉沙、叶尔羌、和阗、阿克苏、库车、乌什等七座城池的野心。
果然，阿古柏打败司迪尔后，又率部连克了叶尔羌、和阗；接着又击败了热西丁，占领阿克苏等地，统一了除库车、库尔勒之外的南疆。
然而，正在阿古柏称雄南疆的时候，浩罕国的本土塔什干却被受俄国支持的布哈拉汗国侵占而丢失；浩罕国的数千残部在玉努斯江的率领下逃入新疆投奔了阿古柏，倒是给阿古柏又增添了不少兵力。
而此时，哲德沙尔汗国也发生了内讧；布素鲁克为摆脱阿古柏，在喀什发动兵变，但很快就被阿古柏战败并逐出喀什。于是，阿古柏扶立了布素鲁克的堂兄卡塔条勒为汗；但不久，阿古柏又将卡塔条勒毒死，自立为汗了。同治六年，阿古柏取消哲德沙尔汗国，建立洪福汗国；自称毕杜勒特，意即洪福无量的人。
阿古柏建国后，即又发兵攻占了库车、库尔勒；至此，大清朝西域的南疆全部被阿古柏侵占。
阿古柏建立洪福汗国后，强迫异教徒改信伊斯兰教；并在南疆各地设立伯克作为地方军政长官，以加强其汗国的统治。
英国政府闻知中国西域的南疆已归阿古柏所有，为获取在该地的权益，赶紧派遣特使英属印度康格拉茶园主罗伯特·沙敖，前往喀什会晤阿古柏，承认洪福汗国政权；阿古柏当然高兴，也于第二年派遣亲信米尔扎·沙迪去印度会见了英国总督，接受了英国总督赠予的大批枪支弹药和修造军械的设备。
沙皇俄国见英国插手中国的新疆，当然不甘落后；同治九年，沙皇俄国也派出使者到喀什噶尔，劝诱阿古柏倾向沙俄；并派
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