已应邀返京；徐世昌见黎元洪与段祺瑞俩人争执不下，也就居中调解劝俩人各做让步。因为，徐世昌是北洋元老，俩人都得买他几分帐；于是，黎元洪依了段祺瑞让徐树铮出任国务院秘书长，段祺瑞则答应让孙洪伊出任内务总长；总统府秘书长则由徐世昌推荐，让为人温和且能与各方均好相处的农商总长张国淦出任；因张国淦是湖北蒲圻人，黎元洪也才接受了。就这样，在徐世昌的调解下，这场府、院之争方才平息；然而，自此后黎元洪与段祺瑞已心存芥蒂。
果然，一波未平一波又起。不久，段祺瑞任命一批外省官吏，按程序须由总统批准方可委任。但当徐树铮面呈黎元洪时，黎元洪见所列名单多为皖系中人，遂心中不悦欲予询问。
然而，徐树铮自以为有段祺瑞作靠山，也全不把黎元洪放在眼中；于是，出言不逊：“何必多问，盖印就是。”
徐树铮如此无礼，把个黎元洪气恼得脸色都发青了。
总统府秘书长张国淦见府、院之间如此矛盾不断水火难容，心想自己何必夹在中间两面为难呢？于是，干脆辞职撒手不干了。
张国淦去职后，黎元洪就任命国会议员丁世峄为总统府秘书长。丁世峄与孙洪伊曾是进步党同仁，也对段祺瑞有成见且态度强硬；丁世峄上任后，即与孙洪伊联手对付段祺瑞与徐树铮。
国务院将吉林巡按使郭宗熙改署吉林省长时，按规定须有分管的内务总长孙洪伊副署；徐树铮担心孙洪伊从中作梗，也就越过了孙洪伊。孙洪伊知晓后即要求查办徐树铮，但段祺瑞置之不理。
于是，孙洪伊以清除“帝制余孽”之名，撤换了内务部中三十余名皖系人员予以报复，这下可又惹恼了段祺瑞。为此，段祺瑞决定除去这个爱找他麻烦的孙洪伊。
然而，当段祺瑞对孙洪伊的《罢免令》递交总统府后却被压下了。于是，府、院之间的新一轮争执遂又展开，且谁也不肯让步；尔后，双方甚至于借助舆论互相攻讦，府、院之争也就搞得满城风雨尽人皆知。
最后，又请出徐世昌从中调解。
徐世昌两边都不想得罪，摆出一副公允的姿态各打五十大板，提出“将孙洪伊和徐树铮同时免职”；徐世昌担心难以服段祺瑞，遂请时任交通总长许世英出面劝。因许世英是安徽至德人，非但与段祺瑞是安徽同乡且有金兰之交，段祺瑞这才答应了；只是，段祺瑞提出了“须将丁世峄一并免职”。于是，孙洪伊、徐树铮、丁世峄仨人均被免职，又一场府、院之争才勉强平息；然而，黎元洪与段祺瑞俩人原有的心结仍未解开且隔阂更是加深，新的矛盾与争执仍在酝酿之中。
果然，平静不多时，黎元洪与段祺瑞又翻脸了。
原来，还在袁世凯取消帝制、段祺瑞恢复国务总理之职后不久；曾竭力反对《二十一条》、扬言要与日本不惜一战的段祺瑞，此时却指使时任交通总长兼交通银行总裁的曹汝霖与日本政府秘密接触，欲向日本政府借款以用于增强皖系实力。
一九一六年十月，日本首相大隈重信辞职；接任的新首相寺内正毅鉴于前任大隈重信以武力侵华效果不佳，却遭至国内外指责而使日本政府陷于进退维谷的窘境；决定改变策略，放弃对中国的军事恫吓手段，而改用以一种“提供贷款，增进邦交，亲善睦邻”的伪善面目与中国交道；欲通过向中国实施经济扩张，以达到控制中国的经济命脉进而侵略中国的目的。所以，段祺瑞的欲向日本借款，正中了寺内正毅的下怀。
于是，寺内正毅着手组建了兴业、朝鲜、台湾三银行借款团，派遣亲信西原龟三以三行代表的身份赴华，与段祺瑞派遣的密使曹汝霖就借款事项进行秘密谈判。双方各有所求一拍即合，第一笔五百万日元的借款很快就谈成了。
段祺瑞尝到了甜头十分高兴，
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