如奥本海默清楚自己工作的细节和进展。在很多问题上，都是由于奥本海默的决断才取得突破，保证了原子弹研制时间表的执行。奥本海默在科学家、普通职工和政府官员中的威望越来越高。洛斯阿拉莫斯素有“诺贝尔奖获得者集中营”之誉，人们称奥本海默为这个集中营的“营长”。奥本海默没有获过诺贝尔奖，却拥有如此高的个人威望，他的组织才能与人格魅力由此可见一斑。
在“曼哈顿工程区”工作的十五万人当中，只有十二个人知道全盘的计划。其实，全体人员中很少有人知道他们是在从事制造原子弹的工作。例如，洛斯阿拉莫斯计算中心长时期内进行复杂的计算，但大部分工作人员不了解这些工作的实际意义。由于他们不知道工作目的，所以也就不可能使他们对工作发生真正的兴趣。后来，有一个年轻的说明了他们是在做什么样的工作。此后，这里的工作达到了**，并且有许多工作人员自愿留下来加班加点。经过全体人员的艰苦努力，原子弹的许多技术与工程问题得到解决。
一九四五年七月十五日凌晨五点三十分，世界上第一颗原子弹试验成功。八月六日和八月九日，美国分别在日本的广岛和长崎投下了原子弹。随着苏联军队出兵我国东北，日本天皇于十四日宣布无条件投降，第二次世界大战结束了。
曼哈顿计划不仅造出了原子弹，也留下了十四亿美元的财产，包括一个具有九千人的洛斯阿拉莫斯核武器实验室；一个具有三万六千人、价值九亿美元的橡树岭铀材料生产工厂和附带的一个实验室；一个具有一万七千多人、价值三亿多美元的汉福特钚材料生产工厂，以及分布在伯克利和芝加哥等地的实验室。
一九四六年七月，在原子弹研制成功一周年之际，美国参、众两院经过激烈的争论，通过了一项由参议员麦克马洪提出的议案。杜鲁门于八月一日签署命令，提案开始正式生效，这就是《一九四六年原子能法令》。它标志着美国战时核计划的结束和新的过渡时期的开始，也成为和平时期整个美国原子能发展的指导纲领。《一九四六年原子能法令》正式生效后，格罗夫斯领导的曼哈顿工程在国会和政府的同意下，继续支撑着整个核计划。当美国新的原子能委员会组成后，杜鲁门决定在一九四六年的最后一天晚上十二点，将原曼哈顿工程的全部财产和权力移交给原子能委员会，从而正式开始了一个新的过渡时期。原子能委员会设有四个部：研究部，它控制一切与原子能有关的研究；生产部，它拥有并控制一切生产裂变材料和原子能的设施，组织核裂变材料的生产；工程部，它指导一切与原子能发展有关的设备和工程；军事应用部，它处理与军备有关的原子能事项。原子能委员会总部也从橡树岭迁到了华盛顿。后来，美国政府决定建立国家实验室，其中最著名的有芝加哥附近的阿贡国家实验室和纽约长岛的布鲁克海文国家实验室(bnl)。这两个实验室为高能物理的发展做出了贡献，特别是丁肇中教授，就是于一九七四年利用布鲁克海文实验室的加速器ags发现j粒子的，并因此获得诺贝尔物理学奖。“张院长，这个时候我能请问一下，你是怎么知道这个计划的么，因为当你说出来这个计划以后，我们感觉的到非常的不可思议，因为现在不要说在国外了，就是在我们国内都不是一个有很多的人知道的一个事情，你是为什么知道的。”马歇尔在飞机起飞之后，对着张心小声的问到。“将军，其实这个消息我从你们成了之初就知道了这个事情了，而且我知道的事情也许不会比你少，”张心这个时候十分自信的说到。“张院长，能不能知道一下，你还知道什么事情么。”马歇尔这个时候依然是小心翼翼的问到。“我知道这个事情你们现在不仅是集中了很多的美国的专家，我还知道你们集中了很多的欧洲国家的专家来完成计划，比如说意大利的物理学家费米教授，虽然
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